审计工程值应按照已完成的工作量和实际发生的费用进行计算,包括设备、劳务和材料等成本。而合同约定工程值应按照合同约定的工作量和单价计算,其中包括工程进度款、工程变更款等。同时,必须保证合同价款与审计价款的一致性,严格按照《建设工程计价规范》进行计算,保证审核结果的公正和准确。