是合法的,根据你的描述,你是与国企子公司签订的劳动合同,但由总公司在缴纳社保,这说明子公司不是法人企业或者是非独立核算企业,它的所有法律责任都是由总公司在承担,而社保部门只按法人单位建帐立户,所以你们的社保自然通过总公司缴纳。